由于妻子美荣子（菅野美穗饰）受到农药的影响而致病，家住青森县中津轻郡岩木山脚下的木村秋则（阿部隆史饰）决定放弃果农延续多年的作业办法，希望培育出无需喷洒农药的纯天然苹果。他的决定超乎常人的想象，同时也被村民们认为是不可能的任务。可是一旦做了决定，他便一门心思研究起来。在此期间，美容子以及岳父征治（山崎努饰）成为他精神和物质上最坚实的后盾。然而全无任何可以借鉴的秋则，只能在不断的失败中摸索前进，即使经过十几年的努力，他的梦想依然没能实现，而原本好好的一个家也到了崩溃的临界。他哭泣，他绝望，期盼奇迹的降临不给苹果树施肥洒农药，能不能做到。我不是果农，也没有调查研究，是不是很难，不好说。但《奇迹的苹果》里的男主人公为了女主不因洒农药过敏，而用了十多年的时间，通过各种方法试验怎样才能不让苹果树生虫病，我一直疑惑为什么不能小范围的试验，非得用全部果林去试，这样生存都没有办法了，因为他们的主营收入就是买苹果，为此他们到处借钱、抵押房产，卖了二块苹果地，三个孩子跟着受罪，何必呢？这里我说到为何日本的诺奖多，特别是基础科学领域，没有什么产出，但是要耐得住寂寞，用时间去积累，日本人就有这种耐心和专注精神，以前的《编舟记》也反映的是这种精神。其实最后找到这种共生的办法，可能没有推广的价值，粮食、水果、蔬菜的种植要规模化，从节约成本的角度，肯定是洒化肥、农药收成好、见效快，于是人们再也吃不到有机的粮食、水果、蔬菜，相与残害，只注重眼前的利益，那管身后洪水涛天。人类的这种急功近利，只会追逐着奔向灭亡。